研究人员首次进行了一项大型试验，测试了个体乳腺癌的整个基因组，以帮助个性化治疗。他们在维也纳举行的欧洲肿瘤医学学会2012年大会上公布了他们的研究结果。
近年来，已经开发出了一些针对癌症中特定基因改变的药物。为了选择哪一种药物适合个别患者，需要进行一些基因检测。“在大多数情况下，这些基因检测方法只能分析有限数量的基因，”来自法国维勒儒夫古斯塔夫·鲁西研究所的研究作者法布里斯·安德烈博士说。
全基因组检测的理论上的好处是，这种方法可以识别频繁和罕见的意外基因组事件。“此外，它使我们能够量化基因组不稳定的水平，并检测驱动突变是否与对靶向药物产生耐药性的基因组改变有关，”Andr-博士说。
就医疗保健服务和政策而言，发展全基因组方法也意味着不需要为癌症中发现的每个新靶点设计新的生物测定方法。
在SAFIR01试验中，Andr博士和他的同事们开发了一个项目，在这个项目中，转移性乳腺癌患者的转移性病变活检的整个基因组被前瞻性地分析。他们使用阵列CGH (aCGH)和Sanger测序来确定转移组织中的遗传改变，这使他们能够确定哪些基因发生了突变、扩增或删除。这些基因组信息被前瞻性地用于提出不同的靶向治疗。该研究由UNICANCER进行并赞助，由法国国家癌症研究所资助。
截至2012年9月23日，已对402名乳腺癌患者进行了活组织检查，其中26名患者的分析正在进行中。其中，276名患者可以获得基因组结果，包括248名患者的全基因组分析。安德尔博士说，在其中172名患者身上发现了一种抗癌药物“可靶向”的基因组改变。有趣的是，大约20%的患者出现了非常罕见的，有时是意想不到的基因组改变，这突出了对全基因组方法的需求。
“主要信息是，全基因组方法可以在大型队列的日常实践中传递，使我们能够确定在高比例患者中可以抑制的靶标，从而产生抗肿瘤效果。”这项研究表明，将个性化医疗引入癌症领域的时机已经成熟。”
虽然只有少数患者在活检后需要试验性药物，但迄今为止已有26名患者接受了与基因组改变相匹配的靶向药物。目标是让80多名接受靶向药物治疗的患者受益。
“当综合SAFIR01试验及其试点阶段的结果时，根据全基因组分析接受治疗的48名患者中有18名显示出抗肿瘤活性的证据，”Andr-博士说。
“在未来，我们认为全基因组检测癌症的方法将成为标准的治疗方法，因为它们提供了基因组改变的广泛图景和一种简单的方法来测试生物标志物，”安德尔博士总结道。
维也纳医科大学外科副教授Peter Dubsky博士(他没有参与这项研究)在评论这些数据时说:“SAFIR01是一项了不起的成就，它将乳腺癌的个性化分子解剖转移到了原则上可转移到临床实践的环境中。”
杜布斯基博士说:“研究人员已经能够分析个体乳腺癌基因组的大部分，并进一步成功地识别出分子变化，这些变化很有可能对特定治疗产生反应。”“换句话说，它们创造了在出现转移性疾病进展的女性中识别‘可药物’靶点的可能性。法国财团所取得的技术成就以及克服的组织和伦理障碍都代表了最佳的敬业和临床相关研究。”
Dubsky博士说:“法国财团为晚期乳腺癌更个性化的治疗打开了一扇新的大门。”“与目前的标准相比，临床研究必须解决这些方法的临床实用性问题。”
Dubsky博士说，仍有几个问题有待讨论:“对转移瘤进行活检(尤其是为了获得高质量的DNA)并不总是可行的，而且成本高昂，还可能导致额外的发病率。鉴于新一代测序技术的最新见解，有必要询问转移部位的相关组织。换句话说，在未来，来自原发组织的新鲜组织是否足以筛选药物靶点?”
“同样重要的是，乳腺癌亚型的定义已经成为晚期和早期疾病治疗的临床现实。肿瘤学家能够根据激素受体、Her2-neu的表达以及肿瘤分化和增殖的标志物来解剖乳腺癌亚型。在临床应用方面，必须将全基因组方法与目前的黄金标准进行比较。”
Dubsky博士说，最近，使用mTOR抑制剂联合依西美坦靶向PI3K/mTOR通路，已经导致转移激素受体阳性和Her2neu阴性乳腺癌妇女的临床获益的重大改善。“值得注意的是，这个目标是基于分子研究的。然而，从这种新的治疗组合中受益的患者是在临床上选择的:选择对先前的内分泌治疗产生内分泌抵抗的妇女，并显示出显着的临床获益率。提供这一证据的临床试验是成功的，没有对治疗目标进行单独的分子鉴定。”
